El repertori de Maike Burgdorf està format per peces solistes per a guitarra barroca, llaüt renaixentista, viola de mà, tiorba i arxillaüt d'autors com ara J.H. Kapsberger, R. de Visée, A. Holborne, G. Sanz i J. Dowland.

També inclou una gran varietat de peces de continu:
• cançons i àries de G. Frescobaldi, G. Caccini, W. Lawes, C. Monteverdi
• madrigals i òperes (Il Combattimento di Tancredi e Clorinda, Il Lamento d’Arianna i L’Orfeo de C. Monteverde; La liberazione di Ruggiero dall'isola d'Alcina de Francesca Caccini; Dido and Aeneas de H. Purcell i Venus and Adonis de J. Blow)
• grans obres sacrals com les Passions de Joh. Seb. Bach.